提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
老年人、儿童、孕产妇等重点人群如何选用中药防治新冠?******
光明网讯(记者 林佳欣)老年人、儿童、孕产妇等重点人群如何选用中药防治新冠病毒感染,有哪些需要注意的?今天(3日)下午,国务院联防联控机制召开新闻发布会,针对中医药医疗救治工作有关情况作介绍。广东省中医院院长张忠德针对这一问题作出回应。
老年人感染新冠病毒以后,如何选择中成药?张忠德表示,老年人的体质正气虚,各种机能下降,尤其是80岁以上老人,有基础病、慢性病的老人,正气虚、肾气虚、脾气虚。这类老人感染新冠病毒以后,分三个时期:早期症状轻微时,老人的用药前提是早期干预、全程干预。当他出现恶寒、头痛、发烧或者胃肠不好时,选药原则是阻断它向重症发展,这是首要原则。对主要症状要进行强烈的干预,如果老人的症状以发烧为主就用清热解毒的药物;如果症状以寒湿为主就使用驱寒解毒的药物;如果症状以湿邪为主,多表现为胃肠道症状的,就使用化湿解毒的药物;如果症状以气喘胸闷为主就使用宣肺解毒的药物。根据这三种不同的表现来选择“三药三方”,化湿败毒、宣肺败毒、清肺败毒,这是很好的阻断老年人向重症发展的药物。更主要的是,老年患者的本质就是虚症,所以在这个过程中,一定要注意全程扶正。那么,老年人怎么扶正呢?张忠德表示,补气为先,用西洋参、太子参,出汗多的温阳,西北地区多燥邪,就滋阴治疗,每个地方都有沙参、麦冬。知道怎么去选,知道是为什么,就可以阻断。如果没有清肺排毒汤怎么办?还有“三药三方”,还有国家中医药管理局推出来的一些中成药。一旦出现高热不退、胸闷不舒服等症状,应该尽快去专业的医院,让专业的医生处理。
张忠德表示,儿童目前治疗的可选药物不多,但是中医药在儿科方面,尤其是在外感性疾病方面有优势。儿童的体质是骄阳,比较娇气。比如这一波疫情中,广东高烧的患儿较多,中医药的治疗效果非常好,我们用麻杏石甘汤和银翘散组成健儿解毒方,大多数患者可以在24小时、36小时内把体温降下来,留下一点咳嗽,很快就能康复了。但是由于儿童病情进展非常快,如果持续高烧,并且出现一些抽搐、惊厥等情况,要尽快去医院。儿童的病情有来得快、去得快的特点,所以要关注好患儿体温的情况。
中医药在这几千年来治疗孕妇的过程中,都是用中医药,因为中医药里面对于孕妇或者胎儿有影响的药物已经列得很清楚,所以我们在治疗孕妇的高危症状时,针对高烧、剧烈咳嗽、便秘这三个主要症状,中医药的效果非常好,我们就选用中医药药典里面记载的,对孕妇、胎儿没有影响的药物,现在也在广泛使用,有很好的效果。如果出现高烧持续不退或者出现并发症,一定要去医院诊治。另外,孕妇服用这些中药,要在医生指导下服用,会取得很好的效果。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)